Osmanlı devletinde yetişen âlimlerin ve velîlerin büyüklerinden ve Şemsüddîn Fenârî'nin torunlarından. İsmi, Ali bin Yûsuf Bâlî bin Şemsüddîn Muhammed Fenârî'dir. Osmanlı Devletinin ilk şeyhülislâmı Molla Fenârî'nin oğlu Molla Yûsuf'un çocuğudur. Lakabı Alâeddîn olup, dedesine nisbetle Fenârî dendi. Bursa'da doğup büyüdü. Doğum târihi bilinmemektedir. 1497 (H.903) senesinin sonlarına doğru Bursa'da vefât ettiği rivâyet edilmektedir. Dedesi Molla Fenârî'nin kabrinin yanına defnedildi.
Alâeddîn Fenârî, küçük yaştan îtibâren ilimle meşgûl olmaktan çok zevk duyardı. Gençliğinde İran'a gitti. Hirat şehrindeki âlimlerden ders aldı. Sonra Semerkand ve Buhârâ'ya gidip, oradaki âlimlerden de okudu. Her ilimde derinleşti.Hattâ, kendisini orada müderris yaptılar. Sonra memleketini çok özledi ve Fâtih Sultan Mehmed Hanın ilk zamanlarında Anadolu'ya geldi.
Diğer taraftan büyük âlim Molla Gürânî hazretleri, Fâtih Sultan Mehmed Hana her zaman Molla Fenârî'nin çocuklarının korunmasını belirtir ve onlardan birisinin yüce dîvân üyesi olacağını söylerdi.
Alâeddîn Ali Anadolu'ya ayak basınca, durumunu Pâdişâh'a bildirdi. Âlimleri çok seven Fâtih Sultan Mehmed Han, Hocasının da sözlerini hatırlayarak onu Bursa'daki Manastır Medresesine müderris tâyin etti. Sonra da, Sultan İkinci Murâd Medresesinde vazîfelendirdi. Ardından Bursa kâdısı, en sonra da kâdıasker yaptı. On yıl bu yüksek mevkide kalarak, ilmin ve âlimlerin şerefini korudu. Pekçok âlim, onun yüksek himmetiyle, lâyık oldukları şerefli hizmetlerin zirvesine ulaştı. Bir süre sonra kâdıaskerlik vazîfesinden ayrıldı ve emekli oldu.
Sultan İkinci Bâyezîd Han pâdişâh olunca, Rumeli kâdıaskerliğine getirildi. Sekiz yıl bu vazîfede kaldı. Sonra bu vazîfeden ayrılıp, Bursa'ya döndü. Burada günlerini ders okutmak ve ibâdet etmekle geçirip, Cumâ ve Salı günlerinin dışında her gün ders verir, gayretle çalışırdı. Senenin üç mevsiminde, Keşîş Dağı eteğinde, halenKadı Yaylası denilen yerde bir ev yaptırıp, orada oturmağı âdet edinmişti. Derslerini de burada okuturdu. Ancak kışın şiddetli zamânında şehire inerdi. Dâimâ ilimle meşgûl olurdu. Yatakta yatmazdı. Uyku bastırınca duvara dayanır, önünde kitap dururdu. Uyanınca kitaba bakardı. Bu kadar çok ilim sâhibi olmasına rağmen, fazla kitap yazamadı. Çünkü vakitlerinin çoğunu, kâdılık ve ders okutmakla geçirdi. Sâdece nahivde Kâfiye Şerhi'ni ve bir de, matematikte Tecnîs'in bir kısmının şerhi olan bir risâleyi yazdı. Matematik ilminin her dalında mâhir idi. Kelâm, usûl, fıkıh, belâgat ilimlerinde pek derin bir âlim idi. Akıllı, edebli ve vakûr idi.
Alâeddîn Ali, tasavvuf ilmiyle uğraşmaktan da büyük haz duyardı. Aklî ve naklî ilimlerde yüksek derecelere eriştikten sonra, tasavvufta mürşid-i kâmil derecesine yükselmiş olan Şeyh Hacı Halîfe'nin huzûruna gidip, ona talebe oldu. Bu zât, Zeyniyye yolunun büyüklerinden idi. Vefâtına kadar onun yanından ayrılmadı, böylece yüksek mârifetlere kavuştu.
Vakitlerinin çoğunu talebelerine ders okutmakla, ilmî mütâlaalarla geçirdi. Yüksek talebelerinden birisi ile Mutavvel kitabını okumaya başlamışlardı. Her satırında birçok meseleye temas edildiğinden, mütâlaaları uzayıp gitti. Günde iki-üç satırdan fazla okuyamıyorlardı. Okunan yerleri, kuşluk vaktinden ikindi namazına kadar îzâh ederdi. Bu minvâl üzere altı ayda, kitabın yarısına kadar gelebilmişlerdi. En sonunda talebesine;
"Molla! Bu kitabın okunma usûlü budur." dedi ve bundan sonra hergün ikişer yaprak okutmakla, kitabın diğer bölümlerini kısa zamanda tamamladı.
O talebe şöyle anlatmaktadır: "Bedî'î, edebî sanatlarına geldiğimizde, bu sanatların her birine Farsça beyitlerden pekçok örnekler gösteriyordu. Ben o sırada;
"Ne çok Fârisî beyitler ezberlemişsiniz." dedim. O da; "Acem, İran talebeleri, âdet olarak, hergün ikindi namazından sonra toplanıp, şiir üzerinde müzâkere ederlerdi. Bunlar, o günlerde ezberlediğimiz şiirlerdir. İran'dan döndüğüm günlerde, ezberlediğim şiirleri kontrol etmiştim de, on bin gazeli bulmuştu." cevâbını verdi."
Birgün yanındakilere buyurdu ki: "Cenâb-ı Hakdan üç dileğim vardır: Evli-barklı olarak evimde ölmemi, hastalığımın pek uzun sürmemesini ve îmânla rûhumu teslim etmemi istiyorum." Talebelerinden bâzı âlimler dediler ki:
"O evde, ondan önce kimse ölmedi. Öğle namazını kıldıktan sonra hastalanıp, ikindi ezânı okunurken ömrü tamâm oldu. Böylece iki arzusu yerine geldi. Umulur ki, üçüncü duâsı da kabûl edilmiş ola!"
Şâir olup şiirlerinde Gammî mahlasını kullanmıştır.
Oğlu Muhammed Çelebi de, ilim ve fazîlet sâhiplerinden olup, 1550 (H.957) senesinde vefât etti. Bunun lügat ilmine dâir Lisân-ül-Hikmet adında Arabca ve Farsça ile karışık yazılmış bir lügatı ve Mollazâde'nin Hidâye Şerhi kitabına yaptığı hâşiyesi vardır.