Menkıbeleri, Menâkıb-ı Şeyh Mecdüddîn Îsâ adı verilen bir kitapta oğlu İlyâs Efendi tarafından toplanmıştır. Bazı menkıbeleri şöyle anlatılmıştır.
Bir gece rüyasında; "Kalk yola çık" diye bir ses duydu. Bu işâret üzerine kalkıp yanına bir kaç dervişi de alarak çarşıya doğru yürüdü. Çarşıda Çanakkale yoluyla Trakya'ya gitmekte olan bir kervan gördüler. Bu kervana katılıp yola çıktılar. Malkara kasabasına varınca vaktiyle Bursa'da ders aldığı, kendisinden ilim öğrendiği bir hocasının oralı olduğunu hatırlayıp ziyaretine gitmek istedi. Arayıp sordu ve evini buldu. Bu hocası bir haftadır hasta yatmakta ve son anlarını yaşamakta idi. Şöyle vasiyet etmişti: "Vefat edince cenâze yıkanması ve namazın kılınması vazîfesini talebem Şeyh Îsâ yapsın." İçeri girince vefât etmek üzere olan hocası gözlerini açıp; "Evlâdım Îsâ nerede kaldın, bir haftadan beri seni bekliyorum"dedi ve helallaşıp ruhunu teslim etti. O da hocasının vasiyetini yerine getirdi.
Mecdüddîn Îsâ hazretleri Malkara'ya giderken Bergama'ya uğramıştı. Orada bir handa konaklamıştı. Yanında bulunan talebeleri müsade isteyip çarşıya çıktılar. Dönerken hocalarının iki hanımına hediye olarak birer yemeni aldılar. Hocalarına verecekleri sırada yemeninin birini kaybetmiş olduklarını görüp telaşlandılar. Mecdüddîn Îsâ hazretleri kerâmetiyle bu hâli anlayıp; "Telaş etmeyiniz! Benim Meryem ananıza çok muhabbetim var. Onun vefât hâlini bana göstermemesi içinAllahü teâlâya duâ etmiştim. Allahü teâlâ bilir Meryem ananız vefât etmiş olsa gerek!" dedi. Akhisar'a döndüklerinde hocalarının bu hanımının vefât ettiğini öğrendiler.