Ramezânı şerîf ayında bir gece, İmâmı Rabbânî hazretleri, hizmetçilerinden birisi ile yüksek üstâdına yoğurt göndermişti. Getiren şahıs hizmetçilerine değil de, doğruca Muhammed Bâkîbillah’ın kapısına gitti. Kapıyı çaldı. Muhammed Bâkîbillah bir başkasını uyandırmayıp, kendisi kalktı. Yoğurt kabını elinden alıp: “İsmin nedir, nereden geliyorsun?” buyurdu. “İsmim Bâbâdır. Şeyh Ahmedin (İmâmı Rabbânînin) hizmetçisiyim,” dedi. Bunun üzerine; “Mâdem ki bizim Şeyh Ahmedin hizmetçisisin, bizimle berâbersin,” buyurdu. Bu kadarcık bir görüşmeden, hizmetçide bir sekr, kendinden geçme hâli hâsıl oldu. İmâmı Rabbânî hazretlerinin huzûruna gitti. İmâmı Rabbânî hazretleri: “Hâlin nedir? Sana ne oldu?” dedi. Kendinden habersiz, mest olmuş bir vaziyette; “Her yerde, taşlarda, ağaçlarda, yerde, gökte, anlatılamayan, vasıf edilmeyen, nihâyetsiz bir nûr görüyorum. Nasıl anlatayım, ifâdeye, beyâna sığmaz,” dedi. İmâmı Rabbânî hocası Muhammed Bâkîbillahı kastederek; “Muhakkak o mübârekler, bu biçârenin karşısında durup, karşılarında duran bu zerre üzerine o güneşten bir şuâ’ aksetti,” buyurdu.
Üç dört yaşlarında küçük bir çocuk, kal’anın on beş yirmi metre yüksekliğindeki duvarından, zemîni taş olan yere düşmüş ve kulaklarından kan gelip, nefesi kesilmişti. Çocuğun annesi bu hâdise karşısında çocuğunu kucaklayıp, çâresizlikler içerisinde ağlayıp inleyerek, doğruca büyük bir velî bildiği Muhammed Bâkîbillah hazretlerinin huzûruna gitti. Derin bir üzüntü ve içli bir yalvarışla çocuğunun kurtulması için himmet ve duâ istedi. Muhammed Bâkîbillah hazretlerinin âdeti şöyleydi ki; teveccüh ve tasarruflarını, manevî yardımlarını, sebepler altında gizlerdi. Bu durum karşısında da himmetini gizleyip bir tıp kitabı istedi. Kitabı alıp; “Öyle anlıyorum ki bu çocuk ölmeyecek!” buyurdu. Orada bulunanlar hayretler içerisinde kaldılar. Muhammed Bâkîbillah hazretleri bundan sonra bir müddet sessizce durup, çocuğa himmet ve duâda bulundu. Sonra çocuk eski hâline gelip, sapa sağlam oldu. Bu hâdiseye şâhit olanların şaşkınlığı bir kat dahâ arttı.
Doğruluktan ve mürüvvetten uzak bir asker, Muhammed Bâkîbillah’ın komşularından birine eziyet ediyordu. Muhammed Bâkîbillah hazretleri, bu zulmü görerek, râhat edemeyip, askere nasîhat etti. Fakat o zâlim asker nasîhatlerini kabûl etmedi. Bâkîbillah, mazlûma merhametinin çokluğundan, o zâlime şöyle dedi: “Merhameti gibi gayreti de çok olan büyük velîlerin komşularına yaptığınız bu iş sizi helâk eder. Haberiniz olsun!” İki, üç gün sonra, o zâlim askeri açıkça hırsızlık yapma suçundan yakaladılar ve öldürdüler.
Bir gün dervîşlerden birinin bir yorgana ihtiyâcı oldu. Hâtırından, ondan bir yorgan istemeyi geçirdi. Muhammed Bâkîbillah hazretlerine bu düşüncesi zâhir olup, namâzdan sonra; “Filân dervîşe ve yorgan ihtiyâcı olanlara, yorgan veriniz,” buyurdu. O dervîş; “O günden beri Muhammed Bâkîbillah hazretlerini üzecek bir düşüncenin kalbimden geçeceğinden korktum,” demiştir.
Vefâtı yaklaştığı son günlerde hanımına; “Ben kırk yaşına gelince, büyük bir hâdise önüme gelir,” buyurdu. Mübârek ellerini açtı ve; “Elimde olan çizgi, sana söylediğim sözün nişânıdır,” dedi. Yine bu günlerden bir gün, eline bir ayna alıp, hanımını çağırdı ve; “Gel berâber bu aynaya bakalım,” dedi. O afîfe hâtun şöyle demiştir; “Aynada, onu tamâmen beyâz sakallı gördüm ve korktum. Bana böyle görünmeyiniz, bakmaya gücüm yetmiyor,” dedim. Tebessüm etti ve kendini asıl şeklinde gösterdi.